摘要:
折腾了一天,终于搞出来了。
可以先用测试文件熟悉一下:测试文件。
平台地址:点击这里。
EasyArray是一款简单的microarray差异分析平台,目标是为了让不会写代码的科研研究人员可以通过简单的参数设置,一键生成基本的表格和图。
内嵌算法:Limma,ggplot2。
当前版本功能:
- 差异基因筛选
- 样本丰度、一致性分析(箱线图)
- 差异基因火山图
用法:
- 上传文件:上传microarray的表达矩阵的csv文件。注意,上传前请确定你上传的文件已做过预处理,如探针ID转基因名,去重等等,具体格式可参考测试文件(测试文件进行的处理:探针ID转基因名,去除空探针,去除不确定的探针,去重)。
- 确定样本量:EasyArray的设定逻辑是,假设有N个样本,1-m是疾病组,m-N则是对照组(如测试文件中,1-58是癌症组,59-63是对照组)。因此,在你上传csv文件前,请先确定你的文件中分组是按照此逻辑进行的。
- 提交任务:样本量确定后,就可以点击提交任务进行分析。分析完成后可自行下载需要的数据。
由于经费有限,目前我所使用的服务器配置很低(1核1GB),且位置在香港,因此运行过程可能会有些慢,还请耐心等待。
后续还会加入更多的功能,如查看指定基因表达情况,富集分析,WGCNA分析等等。我也会尽力提高服务器的配置。如有任何建议或问题,可以在此留言,或者给我发邮件:lishen0709@gmail.com。我会及时回复。
10.21更新:
尝试了一下画热图(用pheatmap),放弃了。单核1G内存根本没法跑。所以需要热图的小伙伴还是用自己的数据本地去跑吧。会R的可以参考:《使用pheatmap包绘制热图》。不会的用graphpad画就行了。